角膜基质环手术并发症的风险非常低。但同其他的手术一样，也会存在感染的风险。并发症一般不是很严重，但是如果发生，那么角膜环被移除。如果基质环移位或暴露，也要被移除。即使植入过角膜基质环，也仍可能需要进行角膜移植手术。角膜基质环植入是不能替代角膜移植手术的。